Η υψηλότερη κορυφή του είναι ο Προφήτης Ηλίας (1063 μ.)

Η περιοχή είναι δασώδης και έχει δάση από κωνοφόρα, σκληρόφυλλους θάμνους και περιοχές με ασβεστολιθικά βράχια. Η φυσική βλάστηση στα ορεινά τμήματα του Καρβούνη, αντίθετα με την πλειονότητα των νησιών του Αιγαίου, δεν έχει επηρεαστεί από καλλιέργειες ή βόσκηση. Έτσι διατηρούνται μεγάλες εκτάσεις με φυσική βλάστηση.

Στον Καρβούνη, από το υψόμετρο των 700 μ. και πάνω συναντώνται δένδρα Μαύρης Πεύκης, η οποία πάνω από τα 850 μ. αποτελεί το κυρίαρχο είδος. Η Μαύρη Πεύκη είναι σπάνιο είδος αλλά και έχει ειδική χρήση στη ναυπηγική. Καλύπτει ποσοστό 15% της δασικής έκτασης του νησιού.

Οι πηγές του Κέρκη και του Καρβούνη γεννούν το Καρλοβασίτικο ρέμα, τον Ύβηττο των αρχαίων, που εκβάλλει στην περιοχή του Μεσαίου Καρλοβάσου.

Στις ομαλές πλαγιές του Καρβούνη και στις πιο απότομες του Κέρκη, συχνά κατά τον 20ο αι. έβρισκαν καταφύγιο και ορμητήριο ένοπλες ομάδες: το κίνημα του Θεμιστοκλή Σοφούλη που οδήγησε στην απελευθέρωση της Σάμου, το κίνημα των Γιαγάδων, οι δυνάμεις της ΕΑΜικής αντίστασης στην Κατοχή και οι δυνάμεις του Δημοκρατικού Στρατού κατά την περίοδο του Εμφυλίου. Ακόμη και σήμερα ο περιπατητής στα βουνά μπορεί να δει ίχνη, σημάδια και αμπριά των ένοπλων αυτών οργανώσεων και να περπατήσει στα μέρη όπου έγιναν οι σημαντικότερες μάχες.

(Στο νησί της Σάμου έχει προταθεί από την Δ/νση Σχεδιασμού Ε.Ε και Γεωργικών Διαρθρώσεων του Υπουργείου Γεωργίας η κατασκευή μεγάλου φράγματος με τον τίτλο “Φράγμα Καρβούνη Σάμου”. Το έργο αυτό βρίσκεται σε αρχική φάση. Έχει κατατεθεί στο ΥΠΕΧΩΔΕ η μελέτη για την προέγκριση χωροθέτησης η οποία όμως επεστράφη προκειμένου να επανεξεταστεί ως προς: το μέγεθος του φράγματος, τις εναλλακτικές του θέσεις καθώς και την δυνατότητα κατασκευής μικρών φραγμάτων στην ίδια ή διαφορετική υδρολογική λεκάνη τα οποία θα είναι φιλικότερα προς το περιβάλλον.)