Ο βιότοπος της Αλυκής αποτελεί σημαντικό σταθμό για πολλά μεταναστευτικά είδη πουλιών. Βρίσκεται στο ανατολικό τμήμα του νησιού κοντά στα μικρασιατικά παράλια. Η συνολική έκταση του βιότοπου είναι 420 στρέμματα. από τα οποία 350 είναι η παλιά Αλυκή και τα υπόλοιπα 70 στρέμματα είναι έλος. Μέχρι το 1965 η αλυκή έβγαζε αλάτι, στη συνέχεια έγινε βιότοπος και σήμερα  έχει ευρύτερη οικολογική σημασία επειδή αποτελεί σπάνιο οικότοπο για τα δεδομένα των νησιών του Αιγαίου και όχι μόνο. Η σημαντικότητα της περιοχής έγκειται κυρίως στον μεγάλο αριθμό πουλιών που επισκέπτονται ή και αναπαράγονται κάθε χρόνο στο βιότοπο. Η περιοχή έχει αναγνωριστεί σαν βιότοπος στον κατάλογο που έχει εκδώσει το ΕΚΒΥ, περιλαμβάνεται στα CORINE και στο NATURA 2000 και χαρακτηρίζεται σαν Περιοχή Προστασίας στον Χωροταξικό Σχεδιασμό του νησιού.

Κάθε χρόνο, το χειμώνα πού πιάνει η λίμνη νερό, μαζεύονται πολλά πουλιά, φλαμίγκος, αγριόπαπιες, κύκνοι, ερωδιοί, και βαρβάρες, και ζωντανεύουν την περιοχή. Το καλοκαίρι το νερό φεύγει, η λίμνη ξηραίνεται και τα πουλιά φεύγουν. 

Συνολικά έχουν καταγραφεί 127 είδη πουλιών στον βιότοπο, ανάμεσα στα οποία είναι λευκοτσικνιάδες, φοινικόπτερα, χαλκόκοτες, καστανόπαπιες, βαρβάρες, νησιωτικές πέρδικες, φιδαετοί, αετογερακίνες, καλαμοκανάδες, μουστακογλάρονα κ.ά., πολλά από τα οποία χαρακτηρίζονται σαν σπάνια ή απειλούμενα με εξαφάνιση.

Θηλαστικά του βιότοπου είναι σκαντζόχοιροι, λαγοί, μαυροποντικοί, τσακάλια, κουνάβια ενώ τα αμφίβια και τα ερπετά εκπροσωπούνται από πράσινους φρύνους, λιμνοβάτραχους, ποταμοχελώνες, ελληνικές χελώνες, χαμαιλέοντες, νερόφιδα, οχιές, σαύρες κ.λ.π.

Ο βιότοπος περιλαμβάνει επίσης υποτυπώδεις κινούμενες θίνες.

Η Αλυκή εκτός από την αισθητική της αξία έχει ευρύτερη οικολογική σημασία επειδή αποτελεί σπάνιο οικότοπο για τα δεδομένα των νησιών του Αιγαίου. Η ποιότητα και η σπουδαιότητα της περιοχής έγκειται κυρίως στον μεγάλο αριθμό ειδών πουλιών που επισκέπτονται ή και αναπαράγονται κάθε χρόνο στον βιότοπο. Ο βιότοπος της Αλυκής είναι στενά συνδεδεμένος με τους μεγάλους υδροβιότοπους της Μικρασίας στο Δέλτα του ποταμού Μαίανδρου και στο Δέλτα του ποταμού Κάυστρου που περιλαμβάνονται στις σημαντικές για τα πουλιά περιοχές της Τουρκίας και προστατεύονται από την νομοθεσία του γειτονικού μας κράτους. Για τον λόγο αυτό στην Αλυκή φιλοξενούνται περισσότερα πουλιά από πολλά άλλα νησιά και αποτελεί σημαντικό σταθμό για πολλά μεταναστευτικά είδη. Οι κυριότερες απειλές μέσα και έξω από τα όρια της περιοχής προέρχονται από ανθρώπινες δραστηριότητες. Το παράνομο κυνήγι, η αύξηση των απορριμμάτων, η προσπάθεια μείωσης της έκτασης του βιότοπου με μπαζώματα και η προσπάθεια τουριστικής αξιοποίησης με την ανέγερση νέων ξενοδοχειακών μονάδων αποτελούν κινδύνους για την περιοχή.

Η περιοχή έχει αναγνωριστεί σαν βιότοπος στον κατάλογο που έχει εκδώσει το ΕΚΒΥ, περιλαμβάνεται στα CORINE και στο NATURA 2000..

Για την Αλυκή, με πρωτοβουλία της Νομαρχιακής Αυτοδιοίκησης Σάμου έχει συνταχθεί Μελέτη από την Ορνιθολογική Εταιρεία για την ανάδειξη και την διαχείριση της προστατευόμενης αυτής περιοχής. Η Μελέτη μεταξύ των άλλων προβλέπει αναπαλαίωση των αποθηκών, δημιουργία μουσείου αλατιού και παρατηρητήριο πουλιών. Κατόπιν τούτων, σύντομα αναμένεται η δημοσίευση στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως του Προεδρικού Διατάγματος για την προστασία της.